Часто бывает, что модули используют различные библиотеки (mootools и jquery) и различные версии библиотек, что приводит к конфликту, и как следствие, неправильной работе модулей или компонентов. Посмотреть ошибки можно в консоле Firebug для FireFox и Google Chrome. Для этого нажмите клавишу F12, откройте ваш сайт и выберите вкладку (Консоль) Сonsole.

Первое, что необходимо проверить - это очередность загрузки скриптов. Сделать это можно, нажав правую кнопку мыши на странице вашего сайта, и выбрав пункт "Просмотр кода страницы" (Google Chrome). Скрипты должны находится между тегами <head>...</head> и иметь следующую очередность загрузки:

1. Javascript библиотека JQuery.

2. Файл с конструкцией jQuery.noConflict();

3. Javascript библиотека Mootools.

4. Остальные скрипты, использующие библиотеки Mootools и JQuery.

Вторым немаловажным моментом, приводящим к неправильной работе скриптов, является двойная загрузка JQuery. Так, если у вас будет следующая очередность загрузки: Библиотека JQuery->Исполняемый скрипт->Библиотека JQuery, то, скорее всего, это приведет к ошибке и ваш исполняемый скрипт не выполнится.

Третье. Если внешне все кажется правильным, а скрипты все равно не работают, необходимо открыть и проверить другие скрипты (файлы с расширением js), т.к. бывает что библиотека JQuery уже "вшита" внутрь этих скриптов, что опять приводит к двойной загрузке этой библиотеки.

Если вы не можете устранить конфликт самостоятельно, можно воспользоваться специальным плагином для Joomla JB Library от Joomlabamboo. Плагин имеет множество настроек, касающихся использования mootools и jquery (выбор версии и способа загрузки jQuery, удаление дублей JQuery и пр.)